传说归传说，寿山石及田黄石在地质学上总有一定的成因。原来在地质的中生代（距今约2.3亿年到6700万年），在今日福建东部的范围内，曾出现过一次地质大变动，火山大爆发，大量岩浆突破地表形成了冲天的烈焰，伴随火山喷发带来大量的酸性气体、液体，交替分解了周围岩层中的长石类矿物，将其原先含有的比较活跃的钾、钙、镁和铁等元素分化，而保留下较为稳定的铝、硅等元素，这些含铝、硅元素的溶液，后来重新冷却结晶成矿，这就是分布在寿山乡群山中的寿山石诸矿。

      至于田黄石，通行的说法是在数百万年前的第三纪末期，由于风雨的剥蚀，盛产寿山佳石的“高山”矿脉中的部分矿石从矿床中分离出来散落在溪旁的基础层上，以后逐步为砂土层所覆盖。这些矿石埋没于砂土中，天长日久，表面所含的三氧化二铁受周围土壤、水分及湿度等因素的影响，渐渐酸化，使石块改变了原有的面目，形成了独具特色的田黄石。

      根据现有的地质学成果，我们知道寿山石的形成是低温热液矿，寿山石都是“填充”在花岗岩的缝隙之中的。但是我们目前所见到的田黄石，或其他“掘性独石”却都是单一的“寿山石”，而没有寿山石和花岗石“粘”在一起的石头。那么，是不是当初有极少的一部分低温热液矿未能填充到花岗岩的岩缝中，而是留在地表了呢？只有这样它们才可能在地壳的变动和风雨的剥蚀下从高山上滚落到山下去。只有这样我们才可能发现没有和花岗岩粘在一起的寿山掘性独石和田黄石。

      我们不知道高山的原始地貌，但从今天的地貌看，高山是一座典型的锥型山峰，如果地壳变迁或风雨剥蚀，高山地表的寿山石原生矿应该往四周滚落下去。可是我们至今只在高山东南面的坑头溪及其下游寿山溪的流域发现了田黄。而同在高山之下，仅隔坑头溪数步之遥的大段溪，却至今没有发现过田黄。

      从坑头溪的源头到寿山溪的下游结门潭，全长八公里，出产田黄石的土地仅为一平方公里。而且即便是“出产”田黄石的地方，也被分之为：上坂、中坂、下坂和碓下坂。四坂所产的田黄也有较明显的区别，上坂田的田黄质灵色淡；中坂田的田黄质嫩色浓；下坂田的田黄质凝腻，而作桐油色；碓下坂的田黄，质粗硬，色黝暗。为什么同为从高山上滚入田中的母石，会在各坂的水田中有这么大的变化呢？至今我们还没有得到令人信服的答案。

      前面已经说过了，田黄石的形成是数百万年的事，而“田”只是人类活动的产物，应该说人类活动产物的“田”对田黄石的外部特征及色泽变化所起的作用不会太大（但因系农民烧稻根做肥料，而造成的“煨红田”除外），影响它们的应该是日夜浸润着它的溪水———即和坑头溪的水质有极大关系。

      据寿山石农介绍坑头溪的水是非常“利”（音）的，早先人们开采的白色寿山石被废弃在溪水中，如今表皮已变黄。人类开采寿山石的历史不过一千数百年，被人类废弃地头溪中的寿山石历史最长也不会超过这个时间，短的可能只有几十年，在这么短的时间里都会起变化，那么被浸润数百万年的田黄石其变化是完全可以想见的。

      我们已经无法知道寿山溪在数百万年前的原始状貌，但是就目前人们对上、中、下三坂的划分，却是与寿山村的三条溪流有着密不可分的关系。即上坂是坑头溪流经的地域；中坂是坑头溪和大段溪汇合后流经的地域；下坂则是坑头溪和大段溪汇合后又与大洋溪汇合后流经的地域。如果用溪水来解释田石为什么会有那么大的质地和色泽的差别，好象比较容易理解一些。即上坂田石浸润的是100%的坑头溪水，这种水质中某种元素比较浓，所以被浸润的田石比较通透，颜色较淡；中坂田石浸润的是50%的坑头溪水，此时水质的某种元素比较中和，所以被浸润的田石比较湿润。颜色也比较饱满；下坂田石浸润的是25%的坑头溪水，此时水质中的某种元素已经较淡，对田石的作用减少，所以被浸润的田石比较凝腻，颜色也比较黝暗，当然各溪的水流量不尽相同，这里不过是个比喻，或许这样才能解释田黄石的成因及上、中、下坂田黄石的区别。

      不过，这里又有一个问题，因为田黄石不光是有通体一色的，外部色黄而内部色淡的，不仅有“金包银”的，而且还有“银包金”的，还有乌鸦皮的，这或许是除了溪水浸润的作用之外，还有一个重要因素，就是每一块田黄所处的“小环境”的影响。据寿山石农介绍，挖于白砂砾处的田黄多为挂黄皮，挖于黑泥处的田黄多为乌鸦皮，这种说法是否科学，目前无法求证。在田黄石已近绝产，而田黄石产地原始地貌已遭严重破坏的情况下，今后可能也无法求证了，只能将此说法做一记载以备参考。